Hasil seni bonsai yang cantik dan menarik sangat bergantung kepada kesesuaian jenis pokok yang dipilih untuk dijadikan bonsai. Sesetengah pokok sememangnya berasa dari Malaysia atau sekitar Asia Tenggara. Selain itu ada juga sebilangannya merupakan spesies pokok dari benua Amerika, Eropah dan Afrika. Tidak kira mana asalnya pokok berkenaan, yang paling penting ialah keserasiannya untuk hidup subur dalam persekitaran iklim di tempat ia dijaga. Antara ciri-ciri penting yang perlu ada pada pokok untuk dijadikan bonsai ialah tahan lasak, mempunyai jangka hayat yang panjang, berdaun kecil, serta muda serasi dengan persekitarannya.